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近來審理房地合一稅未申報案件時，發現有納稅義務人將105年1月1日以後取得的農地出售給公司法人，誤認已取得農業用地作農業使用證明書，即不用課徵房地合一稅，致未依規定申報個人房屋土地交易所得而遭補稅處罰。 

依所得稅法第4條之5第1項第2款規定，符合農業發展條例第37條及第38條之1規定「得申請」不課徵土地增值稅之土地，免納房地合一稅。故原則上，納稅人除應取具「農業用地作農業使用證明書」外，尚須符合經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」者，才有符合免納房地合一稅的要件。但是實務上，有些農地移轉可能在同一課稅年度內就轉手，所以沒有土地之增值，土地增值稅為0元、或因納稅人已取得「農業用地作農業使用證明書」或「符合農發條例第38條之1土地作農業使用證明書」而自認農地免稅，以致未向稅稽徵機關提出「不課徵土地增值稅」之申請。若遇到這些情況時，能不能符合不課徵房地合一稅，依法仍須請地方稅稽徵機關針對要出售的農地有無符合申請不課徵土地增值稅的要件來作認定。

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