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所得稅法第39條有關營利事業適用盈虧互抵之規定,係以公司組織之營利事業,會計帳冊簿據完備,虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證,如期申報案件為適用之對象。上開適用案件如屬經會計師查核簽證者,除應如期於辦理結算申報時提出相關申報書表,並應依「營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法」規定於期限內提出會計師簽證申報查核報告書,始符合所得稅法第39條之規定,而得適用盈虧互抵。

例》甲公司辦理111年度所得稅結算申報,採用網際網路申報,依財政部91522日台財稅字第0910452162號函釋,會計師查核簽證報告書及相關附件資料,得於112630日前提出,然該公司遲至112722日始提出會計師查核簽證報告書,因此,甲公司雖於112520日辦理111年度營利事業所得稅結算申報,且於結算申報書封面載明申報類別為會計師簽證案件,由簽證會計師於封面簽章,惟甲公司既逾限補送會計師查核簽證報告書等相關附件至該局,依財政部75520日台財稅第7546087號函及8215日台財稅第811687995號函,應視為普通申報案件,自無所得稅法第39條第1項但書規定得盈虧互抵之適用。

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