醫療財團法人係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益慈善機關或團體，若符合行政院發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」者，除銷售貨物或勞務之所得，應依免稅標準第3條第1項規定課徵所得稅外，免納所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，可比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定，得自以後10年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。
例》甲醫療財團法人109年度所得稅申報時，如期申報並經會計師簽證查核案件，其列報銷售貨物或勞務收入8,800萬元、銷售貨物或勞務之支出9,200萬元 銷售貨物或勞務以外之收入2,800萬元、與創設目的有關活動支出2,900萬元，甲醫療財團法人本期餘絀數為虧損500萬元，銷售貨物或勞務虧損400萬元，甲醫療財團法人以後年度虧損扣除之金額為400萬，而非500萬元
甲醫療財團法人銷售貨物或勞務虧損400萬元，銷售貨物或勞務以外之虧損100萬元，甲醫療財團法人僅能就銷售貨物或勞務之虧損400萬元，於以後10年銷售貨物或勞務之所得中扣除；至銷售貨物或勞務以外之虧損100萬元，不得自以後年度所得扣除。
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