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營利事業倘有110年4月28日修正公布所得稅法第4條之4及第24條之5第2項（即房地合一稅2.0）規定之房地交易所得，應與一般營利事業所得分開計算應納稅額。惟該稅額仍屬營利事業當年度應納營利事業所得稅範圍，可適用投資抵減，且於計算投資抵減稅額上限時，應將房地合一稅2.0之應納稅額與一般營利事業所得之應納稅額合併計算可抵減限額。
例》甲公司110年度一般營利事業所得為50萬元，應納稅額10萬元（50萬元×稅率20%）；適用35%稅率之房地交易所得100萬元，應納稅額35萬元（100萬元×稅率35%），則甲公司依所得稅法第71條第1項規定合併報繳之應納稅額為45萬元（一般營利事業所得之應納稅額10萬元＋房地合一稅2.0分開計算之應納稅額35萬元），另甲公司尚有符合產業創新條例第10條規定研究發展支出之投資抵減稅額15萬元，且可抵減金額以不超過其當年度應納稅額30%為限，甲公司得抵減之投資抵減稅額為13.5萬元（45萬元×30%）。

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