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企業申報營所稅時，可善用十年盈虧互抵，並留意適用主體、會計帳簿、結算申報方式等三要件，釐清相關疑義。

在適用主體方面，《所得稅法》規定必須是公司組織的營利事業，不過財政部過去陸續透過解釋函令放寬，包含公益團體銷售貨物勞務部分、合作社、醫療社團法人、有限合夥等具營利性質組織，都能比照公司適用盈虧互抵。儘管如此，雖非公司組織仍有機會主張盈虧互抵，但建議申請個案解釋，較為妥當。

而公司短漏報情節輕微仍可適用盈虧互抵，(輕微:指的是短漏所得稅額不超過10萬元，或短漏報所得占全年所得比率不超過5%，且非以詐術或不正當發法逃漏稅，才能視為情節輕微。一旦營利事業有短漏所得稅額或課稅所得額，就可能不准適用虧損扣抵，即便僅為帳外調整判斷歧異或計算錯誤都一樣，企業不可不慎。

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