符合條件之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，得依產業創新條例第10條選擇於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，此兩種抵減方式一經擇定不得變更，並以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限。
該局說明，公司或有限合夥事業最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大者，如欲申請研究發展支出適用投資抵減，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附相關文件向中央目的事業主管機關申請研究發展活動及專案認定。
如欲適用投資抵減，應於112年5月底前申請研究發展活動及專案認定；申請日之認定以申請文件送達中央目的事業主管機關之日為準；其郵遞者，應以掛號寄送，並以交郵當日之郵戳日期為準，逾期申請者，不予受理。以下4項支出應申請專案認定：
(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用；
(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用；
(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；
(4)與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出，應併同研究發展活動認定之申請，向中央目的事業主管機關提出申請。
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